이메일 주소로 메이플스토리 전용 ID를 생성했다. 이 때의 계정은 넥슨 아이디와의 연동을 지원하지 않았고, 굳이 넥슨에 가입하지 않아도 메이플스토리에만 따로 가입해 게임을 하고 탈퇴하는 것이 가능했다. 단, 캐시 아이템 결제를 할때는 넥슨 아이디를 등록하는 과정을 거쳐야 했다. 또한 캐릭터의 성별은 고를 수 없었고, 가입한 유저의 성별(주민번호 뒷자리를 참고)에 따라 캐릭터의 성별도 정해졌다. 초창기의 메이플스토리는 유저가 메이플 월드라는 이세계에서 모험을 하는 컨셉임을 알 수 있었던 흔적 중 하나다.[32]

Windows Vista와 호환성이 매우 나빴다. 캐릭터 생성시 한글이 제멋대로 쳐진다던가, 창고를 열 때 주민번호 뒷자리를 입력하면 갑자기 컴퓨터가 다운된다던지, 주민번호를 두번 쳐야 되고, 입력하면 또 게임이 종료되는 등 문제들이 있었다. 2007년 5월에 비스타 이용자를 위한 조치가 취해질 것이란 이야기가 있었지만 결국 짤막한 호환성 설정 이야기로 끝났다.